Lightroom est justement fait pour que ça ne soit pas destructeur... puisqu'il n'utilise que le fichier d'origine plus un fichier de réglage.
Pour une utilisation dans un logiciel tiers (photomatix, autopano pro etc...) il faut effectivement exporter les fichiers dans le format de ton choix, JPEG ou TIFF.
Le TIFF sera également destructeur par rapport au JPEG d'origine, mais ne le sera pas par rapport au traitement d'un instant T de Lightroom.
C'est donc probablement le meilleur choix pour ton utilisation.
Une autre solution c'est de choisir ton logiciel pour l'option "modifier dans ... ", tu choisis TIFF comme format.
Par contre il te faudra partir de 3 copies virtuelles pour que ça marche, je pense.